Lisansını Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Peyzaj Mimarlığı dalında (1996) yapan Akgün İlhan önce Hacettepe Üniversitesi Eğitim Programları bölümünde (2002) ve sonra İsveç Enstitüsü bursu ile Lund Üniversitesi Uluslararası Çevre Bilimi (2005) ana bilim dalında yüksek lisanslarını tamamladı. UNESCO Su Bilimleri Bölümü’nde (Paris) tüm dünyada 100’den fazla büyük nehir havzasını kapsayan su yönetimine halk katılımı temalı “Çevre, Yaşam ve Politika için Hidroloji” (HELP) adlı projeyi yürüten İlhan, 2009’da Barselona Otonom Üniversitesi Çevre Bilimleri ve Teknolojileri Enstitüsü’nde Politik Ekoloji dalında doktorasını Katalan Hükümeti bursu ile tamamladı. İlhan, 2005 ile 2008 yılları arasında Avrupa Birliği fonlu Bütünleşik Sürdürülebilirlik Değerlendirme Yöntem ve Araçları (MATISSE) adlı projede araştırma görevlisi olarak çalıştı. Aynı yıllarda İspanya’da (2006-2009) Eco-union adlı STK’da profesyonellere yönelik eğitim programları da veren İlhan, 2010 yılındaTürkiye’ye dönerek Su Hakkı Kampanyası’nda (İstanbul) çalışmaya başladı.
Akgün İlhan 2010 yılından bu yana Hasankeyf’i Yaşatma Girişimi, Ekopotamya Ağı ve Su Hakkı Kampanyası’nı temsilen pek çok uluslararası toplantıya katıldı. Çeşitli dergi ve kitaplarda yazıları olan İlhan, Yeni Bir Su Politikasına Doğru: Türkiye'de Su Yönetimi, Alternatifler ve Öneriler (2011) adlı kitabın yazarıdır.