Hypatia 370 yılında Büyük İskenderin kurduğu İskenderiye şehrinde doğdu. Doğduğu şehir müze ve kütüphanesiyle ünlüydü, o dönemde bilim ve felsefenin merkeziydi. Şehirde Mısırlılar, Yunanlar ve Yahudiler birlikte yaşamaktaydı. Babası İskenderiye Matematik okulunda eğitim veren Theon’du. Babasından matematik, felsefe, astronomi, şiir dersleri aldı. Ayrıca Theon kızına bölgedeki tüm dinleri de öğretti. Kadın entelektüellerinin ilk şehidi diyebileceğimiz Hypatia çağının en üretken bilim insanlarından biridir.
Antik Yunanistan döneminde, Batı liberal demokrasisinin çoğunun felsefi temellerini atıldı ancak kadınlar açısından çok parlak bir dönem değildi. Hypatia hem güzel, hem cesur hem de zeki bir kadındı. Tüm yunanlılar ona hayrandı. Erkek egemen bir toplumdaki tüm erkekler olağanüstü başarılarına boyun eğdi. Bu hayranlık ve ardından doğan kıskançlık Hypatia’nın tarihin en planlı ve sinsi cinayetlerinden birine kurban gitmesini yol açtı. Bilime yaptığı katkılar ve bilimsel mücadelesi herkes tarafından takdir ediliyordu. Ancak o dönem gittikçe artan tek tanrılı dine inananlar kendilerinden olmayan kişilere karşı derin bir nefret duyuyorlardı. Bir bakıma putperest inançları eninde sonunda onun ölümüne yol açmıştır. Aslında bu şekilde hayatının sonuçlanması onun bir anlamda ölümsüzleşmesine yol açtı.
Kendisi aynı zamanda Neoplatonik felsefe okulunun bir üyesiydi. Bu konuda Atina’da eğitim gördü. Doğduğu şehre geri dönünce İskenderiye kütüphanesinde kendi okulunu kurdu. Bu dönemde tüm akademisyenler erkekti. Akademideki tek kadın olmak Hypatia’yı caydırmadı. Akademisinde Platon hakkındaki düşüncelerini dinleyen herkesi büyülüyordu. İnsanlar öldükten sonra Hypatia hakkında çok daha fazla şey yazmışlardır. Hakkında yazılanların birçoğunda ondan saygı ve hayranlıkla bahsetmiştir. Ayrıca çok güzel ve mantıklı biri olduğu, bulunduğu ortamlarda insanlara olumlu bir hava bıraktığı da bahsedilmiştir.
Hıristiyanlığın yavaş yavaş gelişmesi ve büyümesiyle etrafındaki paganlara yaptığı baskı da artmaya başlamıştı. Bu dönemde birçok pagan zulüm korkusuyla Hıristiyanlığı zorla kabul etti. Hypatia ise Hıristiyan olmadı, paganizme inanmaya devam etti ve inancını gizlemek için hiç çaba sarf etmedi. Bu meydan okuma – bir süre için İskenderiye Valisi Orestesden destek almasına rağmen, onu Hıristiyan çevreler arasında bir hedef haline getirdi. İskenderiye’nin en önemli piskoposlarından biri olan Cyril doğrudan hükümete saldırma yerine onun en güçlü varlıklarından biri olan Hpatia’yı ortadan kaldırmaya karar verdi. Çünkü Hıristiyanların başındaki din adamları kesinlikle içlerinde paganları istemiyor ve buna destek veren siyasi güce karşı geliyorlardı.
Piskopos Cyril Hypatia’yı kaçırmak için bir dini yürüyüş emretti ve onu kaçırıp sokaklarda sürüklediler, vücudunu taşlayıp linç ettiler, sonra yaktılar. Bu nefret ve öfke ortamında bedeni yok edilen Hypatia yaptıkları ve mücadelesi ile yüzlerce yıl ölümsüz olmaya devam etti.
